У меня что-то подобное было в результате, когда при снесении записей в таблицу не применил эту кодировку. Но в результате были не вопросительные знаки, а некий набор нечитаемых символов. Именно таким нечитаемым образов записи и в пэгэадмине отражались в таблице коммандс. Пришлось удалять кривые записи в консоли, применять эту кодировку \c encoding WIN866; и после этого заново вносить записи о командах уже успешно. Смущает лишь обилие вопросов, у меня их не было столько.