Курсы по программированию

смотрите, где -  то или лишний див, или не хватает.

Все меню также должны быть дивы с классом navbar и container. Это специфика бутстрапа. Если ты даже выбросил кнопки для сворачивающегося меню, классы с которыми работает бутстрап(navbar-header), нужно оставлять, потому как он просто не понимает как форматировать, согласно сss:
В идеале это выглядит так:
<div class="navbar ... // и куча других  navbar">
  <div class="container">
            <div class="navbar-header">
        // кнопки меню, которое схлопывается, можно выбрасывать
                <button type="button" class="navbar-toggle"... <span ...    </button>
@Html.ActionLink...
@Html.ActionLink...
// закрываем все три дива, которые открывали
        </div>
    </div>
</div>

Там, действительно есть проблемы, помнится, я просто подключил свой файл стилей и прописал все правила в нем. Я бы посоветовал, зайти на официальную страничку бутстрапа и посмотреть как формируется сетка getbootstrap.com/docs/3.3/css/#grid
Это как раз тот вариант, когда один раз разобравшись, вам этого хватит на всю жизнь.
И еще один важный момент, когда подключаете свой файл стилей, не забудьте, что он должен быть последним, в противном случае, ваши изменения отрабатывать не будут