Научился: пользуюсь sourcetree - как внешним приложением для доступа в bitBucket
опять же не надо лазить в консоль и запускать руками git команды
для себя отметил, что при запросе phpStorm на автоматическое добавление файлов в git надо нажимать отмену и выбирать файлы вручную.
теперь буду так делать - есть логика.