Научился: В PhpStorm поддерживается инструмент emmet, для создания структуры достаточно ввести восклицательный знак и нажать на клавиатуре tab. Коммит в PhpStorm можно создать сочетанием Ctrl+K.
Научился: Что бы при коммите PhpStorm не ругался в main.php нужно добавить phpdoc аннотацию:
/* @var $this yii\web\View */
/* @var $content string */
Так же это позволит выводить подсказки в PhpStorm по данным переменным.
Что бы решить проблему с ошибкой "bower-asset" в конфиг yii2 можно добавить:
'aliases' => [
'@bower' => '@vendor/bower-asset',
'@npm' => '@vendor/npm-asset',
],